در اواخر سال ۱۳۴۲ بحث مسافرت دكتر بهشتی به آلمان مطرح شد. اين در حالی بود كه ساواك با حساسيت اين موضوع را پيگيری می‌نمود. اين تصميم حداقل به دو علت عمده اتخاذ گرديد: از سويی، بعد از دستگيری اعضای مؤتلفه، چون نام آيت‌الله بهشتی هم در پرونده‌ی آن‌ها بود امكان دستگيری ايشان وجود داشت و از سوی ديگر، پس از بازگشت مرحوم محققی از امامت جماعت مسجد جامع هامبورگ آلمان و درخواست مسلمانان اين شهر از آيات عظام ميلانی خوانساری و حائری برای اعزام يك روحانی به آن‌جا بود، بهترين گزينه در اين زمان آيت‌الله دكتر بهشتی تشخيص داده شد.
هر چند ايشان علی‌رغم وجود تهديدات مايل به اقامت در ايران و پيگيری فعاليت‌های خود بود، اما با اصرار دوستان سرانجام رفتن به آلمان را پذيرفت. مشكل گذرنامه از طريق آيت‌الله سيداحمد خوانساری حل شد و بدين ترتيب آيت‌الله بهشتی رهسپار آلمان گرديد تا فصل نوينی را در مبارزات فرهنگی و سياسی عليه رژيم آغاز كند.
از جلمه اتهاماتی كه دشمنان نظام بعد از پيروزی انقلاب اسلامی عليه دكتر بهشتی مطرح می‌كردند، دو مسئله‌ی زير بود: اول مسئله‌ی وساطت آيت‌الله خوانساری برای گرفتن گذرنامه برای دكتر بهشتی از مقامات دولتی و دوم اين‌كه ايشان نماينده‌ی مذهبی دولت ايران در آلمان بوده است. خود دكتر بهشتی در پاسخ به اين سئوال می‌گويد:
«... مرحوم آيت‌الله ميلانی در پی مراجعه‌ی مسلمانان مقيم هامبورگ و آلمان، دعوت كرده بودند كه من به عنوان عالم دينی به آن‌جا بروم، در سال۱۳۴۳ من در آن موقع به دليل فعاليت‌های مؤثری كه در ايران داشتم خودم نمی‌توانستم از ايران بروم. هر چند در همان موقع خطرات زيادی مرا تهديد می‌كرد، اما گفته شد كه يك وظيفه است ... و اگر ارتباط نمی‌گرفتند از طريق برخی دولت‌های آن موقع اقدام نمی‌كردند. از جمله كسانی كه در آن موقع، آيت‌الله خوانساری از طريق او اين اقدامات را طی كردند، آقای شريف امامی بود. ايشان به او [شريف امامی] گفته بود كه من بايد برای اداره‌ی امور مسجد ... از طرف روحانيت بروم و گذرنامه به من نمی‌دهند، اقدام كند كه گذرنامه بگيرد. و چون حساسيت رژيم روی من زياد بود، شريف امامی حتی خودش جرأت نكرده بود مستقيماً اين كار را بكند؛ با اين‌كه يك كار ساده‌ای بود. رفته بود با شاه مخلوع معدوم در ميان گذاشته بود. جرأت نكرده بود به شهربانی بگويد كه به من گذرنامه بدهند؛ حتی در نامه‌اش نوشته است كه من به شاه گفته‌ام و شاه گفته است عيبی ندارد و در حقيقت آن‌ها در رو دربايستی كه با آيت‌الله خوانساری در آن موقع داشتند موافقت كردند.»
دكتر بهشتی پس از آن نتيجه می‌گيرد كه
«مطرح كردن مسافرت من برای فعاليت‌های اسلامی در آلمان به عنوان كسی كه از طرف شاه و رژيم به عنوان نماينده‌ی مذهبی به آن‌جا رفته ... يك دروغ است و همه‌ی كسانی كه در جريان اين برنامه بوده‌اند در داخل و خارج دروغ بودن اين را می‌دانند...»
ايشان در اوايل فروردين سال ۱۳۴۴ از راه عراق و اردن و سوريه و لبنان به هامبورگ رفت. موضوع مهمی كه دكتر بهشتی در آلمان با آن روبه‌رو شد، عدم وجود تشكيلات منسجم اسلامی بين دانشجويان بود. بسياری از دانشجويان ايرانی بعد از خروج از كشور توسط سازمان‌های الحادی و كنفدراسيون‌های دانشجويی عضوگيری شده و تحت تأثير افكار اين گونه سازمان‌ها به تدريج از فرهنگ اسلامی و شيعی خود دور می‌شدند. دكتر بهشتی در اين زمينه می‌گويد:
«تصميم اين بود كه مدت كوتاهی آن‌جا بمانم و كار آن‌جا كه سامان گرفت برگردم، ولی احساس كردم كه دانشجويان سخت محتاج هستند به يك نوع تشكيلات، تشكيلات اسلامی؛ چون جوان‌های عزيز ما از ايران خيلی‌شان با علاقه به اسلام می‌آمدند و كنفدراسيون و سازمان‌های الحادی چپ و راست اين جوان‌ها را منحرف و اغوا می‌كردند.»
دكتر بهشتی در هامبورگ با همت چند تن از جوان‌های مسلمان عضو اتحاديه‌ی دانشجويان مسلمان در اروپا و ديگر مسلمانان عرب، پاكستانی، هندی، آفريقايی و غيره كار را شروع كرد و به تدريج هسته‌ی اتحاديه‌ی انجمن‌های اسلامی دانشجويان گروه فارسی زبان آن‌جا را تأسيس كرد. ايشان با پشتكاری كه داشت در ماه‌های نخست ورود به آلمان به زبان آلمانی تسلط كامل يافت؛ به گونه‌ای كه هم در سخنرانی‌ها و هم در استفاده از متون و كتاب‌ها و هم در نوشتار توانست به خوبی از اين زبان استفاده كند.
حجت‌الاسلام دكتر جواد اژهای، داماد شهيد بهشتی، در اين پاره می‌گويد:
«با توجه به تسلطی كه ايشان به زبان انگليسی داشتند، در مدتی كوتاه توانستند به زبان آلمانی مسلط شوند؛ به طوری كه نه سال بعد ايشان به ايران بازگشتند. در سال ۱۳۵۷ موقعی كه می‌خواستند اساسنامه‌ی مسلمانان اتريش را با نظر ايشان تدوين كنند، با وجود چند آلمانی زبان‌شناس كه در تدوين اين اساسنامه شركت داشتند، ايشان قبل از رفع اشكال‌های محتوايی، ابتدا غلط‌های گرامری آن اساسنامه را تصحيح كردند. من چون در اين جلسه حضور داشتم، شگفتی آلمانی زبان‌ها را به وضوح ديدم.»
اصلاح برنامه‌های مسجد جامع هامبورگ
از مهم‌ترين اقدامات دكتر بهشتی در آلمان به پايان رساندن عمليات ساختمانی مسجد جامع هامبورگ كه بنای قبلی آن همواره مورد اعتراض مردم و شهرداری هامبورگ قرار می‌گرفت. مسجد در يك مقدمه‌ی حساس و زيبای مركز شهر هامبورگ، در محلی كه توريست‌ها و مسافران به هنگام ورود به هامبورگ از آن‌جا عبور می‌كردند، واقع بود. دكتر بهشتی به خوبی دريافت كه اين مسئله باعث سرشكستگی اسلام و مسلمين است، لذا بايد نسبت به تعمير و تكميل آن اقدام نمود. ايشان همچنين نام اين مسجد را كه مسجد جامع ايران بود به مركز اسلامی هامبورگ تغيير داد. البته اين اقدام دكتر بهشتی مخالف نظر كنسولگری ايران در آلمان بود. سركنسول ايران در گزارشی از پيشينه‌ی اين مسجد و مركز اسلامی عنوان می‌دارد: «به نظر اين سركنسولگری چون كمك به ساختمان مسجد و پرداخت هزينه‌های ديگر جهت امور مذهبی و خيريه عموماً از طرف ايرانيان پرداخت می‌گردد، از هر لحاظی صلاح نمی‌باشد كه جمعيت مذكور فقط به‌نام جمعيت اسلامی باشد. چه بهتر است كه مسجد به نام مسجد ايرانيان و جمعيت نيز به نام جمعيت اسلامی ايرانيان مقيم آلمان غربی باشد.»
اما دكتر بهشتی بسيار فراتر از مرزبندی‌های جغرافيايی، نژادی و زبانی می‌انديشيد. ايشان در نامه‌ای كه از آلمان برای يكی از دوستان خود در ايران فرستاده، به اين مسئله اشاره كرده و توضيح میدهد كه به ويژه در ارتباط با اهل تسنن، اگر با مدارا و نرمش و منطق آرام، مسائل مربوط به تشيع با آن‌ها مطرح شود مطلب را تا مرحله‌ی محبت اهل بيت كه درجه‌ی اول ولايت است، به سهولت می‌پذيرند. بدين ترتيب سوءتفاهم‌های گذشته با جهل عده‌ای از دوستان نادان و توطئه‌ی عده‌ای از دشمنان كينه‌توز و سوء استفاده‌ی گروهی از جاه‌طلبان به وجود آمده، از بين می‌رود. دكتر بهشتي بيشتر به انترناسيوناليسم اسلامي مي‌انديشند و روي همين اصل جزوه‌هايي را كه در مركز اسلامی هامبورگ تهيه مي‌كرد اولاً، شامل قسمت‌های مختلف تعاليم اسلام بود و ثانياً، به چهار زبان ديگر غير از فارسي منتشر مي‌شد. محتواي اين جزوات هم مسائل اعتقادي ـ اسلامي و لزوم حفظ وحدت و انسجام جامعه‌ي اسلامي بود.
اين‌گونه برخوردها و اقدامات دكتر بهشتی نقش زيادی در جذب مسلمانان از هر فرقه‌ای به اين مسجد داشت و بدين ترتيب شكوه برنامه‌های مسجد جامع هامبورگ هر روز افزون‌تر می‌گشت. دكتر بهشتی درباره‌ی تأسيس و نحوه‌ی فعاليت‌های اتحاديه‌ی انجمن‌های اسلامی دانشجويان در پاسخ سئوال خبرنگاری چنين گفته بود:
«من نه عضو بودم و نه به دست من می‌گشت، من بنيانگذار اين انجمن‌ها بودم و همكاری می‌كردم و مشاور بودم برای آن‌ها؛ يا كمك می‌كردم در كارهايشان، سخنرانی، مشورت‌های تشكيلاتی، سازماندهی مختصر، كمك‌های مالی كه از مسجد برای آن‌ها می‌بردم و سمينارهای اسلامی را برايشان تشكيل می‌داديم.»
نتيجه‌ی فعاليت‌های دكتر بهشتی در آلمان به وجود آمدن انجمن اسلامی دانشجويان گروه فارسی زبان با تشكيلات منظم در بيش از چهارده شهر دانشگاهی آلمان و اتريش بود. اين انجمن حتی فارسی زبانان غيرايرانی را نيز به عضويت می‌پذيرفت.
بدين ترتيب، مركز اسلامی هامبورگ كه به همت آيت‌الله بهشتی تأسيس شد، به عنوان كانونی برای فعاليت‌های اسلامی دانشجويان ايرانی معتقد و مسلمانان درآمد كه پناهگاهی در خارج از كشور نداشتند و همچنين خارجيانی كه مايل بودند با انديشه‌های اسلامی آشنايی پيدا كنند.
دكتر جواد اژهای درباره‌ی ميزان تأثير دكتر بهشتی در معرض اسلام به اروپاييان می‌گويد:
«وقتی شهيد بهشتی به اروپا سفر كردند، آن‌چنان مردم اروپايی با اسلام بيگانه بودند كه وقتی شش ماه بعد، ايشان در جهت تنگی وقت مجبور شدند در فرودگاه فرانكفورت و در فضای باز آن‌جا نماز بخوانند، پليس ايشان را به عنوان جادوگر دستگير كرد. ولی چند سال بعد اكثر مردم اروپا می‌دانستند عبادت مسلمانان چگونه است و اصلاً ايشان اصطلاح آلمانی
mohammadaner (محمدی) را به
moslem (مسلمان) تغيير دادند؛ آن‌چه آن روزها در فرهنگ اصطلاحات آلمانی به كار می‌رفت.»
همسر دكتر بهشتی درباره‌ی ميزان حضور مسلمانان در اولين نماز عيد قربان در مسجد جامع هامبورگ می‌گويد:
«اولين نماز عيد قربان كه در آلمان خوانده شد و خيلی هم برای آلمان عجيب بود، به امامت ايشان خوانده شد. تقريباً سه هزار نفر در اين نماز شركت كردند و اين اولين نماز با اين همه جمعيت بود كه در آن‌جا برگزار می‌شد.»
دكتر بهشتی با اين شيوه‌ی اداره‌ی مركز اسلامی هامبورگ توانست تعداد زيادی از دانشجويان ايرانی و غيرايرانی را به سمت مسجد كشانده و آن‌جا را به عنوان پايگاه مبارزه مطرح نمايد. به عنوان نمونه در ايام ماه محرم كه در مسجد مسلمانان هامبورگ (مسجد جامع) جلسات روضه‌خوانی برپا بود، عده‌ای از دانشجويان وابسته به جبهه‌ی ملی، جزواتی را به نام نطق‌های تاريخی مصدق بين مردم پخش كردند. روی آوردن جوانان دانشجو و مبارز انقلابی به مسجد در تحولات بعدی و جهت يافتن انقلاب به سمت مذهب و صبغه‌ی اسلامی مبارزه تأثير بسزايی داشت كه قسمت عمده‌ی آن مديون فعاليت‌های دكتر بهشتی است.
