هشتم تیر سال ۱۳۹۵ سرلشکر محمد باقری از سوی فرمانده کل قوا به سمت ریاست ستاد کل نیروهای مسلح انتخاب شد.
به گزارش خبرنگار حماسه و جهاد دفاع‌پرس، هشتم تیر سال ۱۳۹۵ فرمانده کل قوا حضرت امام خامنه‌ای (مد ظله‌العالی) در حکمی سردار سرلشکر پاسدار محمدحسین باقری را به ریاست ستاد کل نیروهای مسلح منصوب کردند تا پس از ۲۷ سال ریاست سرلشکر حسن فیروزآبادی، وی به عنوان رئیس جدید ستاد کل نیرو‌ها مسلح ایفای نقش کند.
در حکم انتصاب وی آمده بود:
«بسم الله الرحمن الرحیم
سردار سرلشکر پاسدار محمدحسین باقری
با توجه به انتقال سردار سرلشکر بسیجی دکتر سیّد حسن فیروزآبادی به جایگاه مشاورت عالی فرماندهی کلّ نیروهای مسلح، و نظر به خدمات شایسته و تجارب ارزنده جناب‌عالی در دوران دفاع مقدس و پس از آن به‌ویژه در مسئولیت‌های ستاد کل و قرارگاه خاتم‌الانبیاء (ص)، شما را به ریاست ستاد کل نیروهای مسلح منصوب می‌کنم.
با تمسک و امید به عنایات الهی، ارتقاء توانمندی‌ها و آمادگی‌های دفاعی امنیتی نیروهای مسلح و بسیج مردمی و امکان پاسخگویی به‌موقع و مؤثر به هر سطح و نوع از تهدیدات متوجّه به نظام جمهوری اسلامی ایران با عمل انقلابی مورد انتظار است.
از تلاش‌های مخلصانه و مدبّرانه سردار سرلشکر بسیجی دکتر فیروزآبادی از ابتدا تا کنون در این مسئولیت مهم قدردانی و تشکر می‌کنم.
دوام توفیقات همگان را از خداوند متعال مسئلت می‌کنم.
سیّد علی خامنه‌ای»
محمد باقری از فرماندهان دوران دفاع مقدس و برادر کوچکتر فرمانده شهید «حسن باقری» مسوول اطلاعات عملیات سپاه در هشت سال دفاع مقدس است که در سال ۱۳۳۹ در تهران به دنیا آمد. در سال ۱۳۵۹ پس از تعطیلی دانشگاه به سبب انقلاب فرهنگی به سپاه پاسداران انقلاب اسلامی پیوست که همزمان با درگیری‌های ضد انقلاب در کردستان شد. یک ماه از جنگ گذشته بود که به جبهه رفت و مسوولیت‌های اطلاعاتی عملیاتی را در کنار برادر خود برعهده گرفت و در عملیات‌های مختلف حضور فعال داشت.
از سال ۱۳۶۲ تا پایان دوران جنگ تحمیلی بعنوان مسئول اطلاعات عملیات نیروی زمینی سپاه پاسداران انقلاب اسلامی و قرارگاه کربلا، قرارگاه خاتم‌الانبیا (ص) حضور داشته است.
او که دارای سابقه جانبازی در دفاع مقدس نیز هست پس از جنگ در مسؤلیت‌های مختلف بعنوان رئیس اداره اطلاعات و سپس معاون اطلاعات و عملیات ستاد کل همچنین رئیس ارکان و امور مشترک نیروهای مسلح تاکنون ایفای مسئولیت و به موازات آن از سال ۱۳۸۶ بعنوان معاون هماهنگ‌کننده قرارگاه مرکزی خاتم‌الانبیاء (ص) خدمت کرده است. او دارای مدرک دکترای جغرافیای سیاسی و ژئوپلیتیک از دانشگاه تربیت مدرس و عضو هیات علمی دانشگاه دفاع ملی با مرتبه استادتمامی است و به تدریس در دانشگاه عالی دفاع ملی و دانشگاه تربیت مدرس نیز اشتغال دارد.
باقری به علت انجام فعالیت‌های شایسته در دوران دفاع مقدس مفتخر به دریافت سه نشان فتح و برای فعالیت‌های پس از دفاع مقدس یک نشان نصر از دست مبارک فرماندهی معظم کل قوا شد و همزمان با سرلشکر ایزدی درجه سرلشکری را از رهبر معظم انقلاب اسلامی دریافت کرد و پس از دریافت این درجه بود که به ریاست ستاد کل نیروهای مسلح منصوب شد.
همچنین وی دارای تالیفاتی در زمینه ژئوپلیتیک قفقاز، منطقه غرب آسیا، حقوق بین‌الملل دریایی جمهوری اسلامی در خلیج فارس و تنگه هرمز بوده و عضو قطب علمی جغرافیای سیاسی کشور و هیات موسس انجمن ژئوپلیتیک ایران نیز هست.
در حملات سنگین موشک‌های بالستیک نیروی هوافضای سپاه پاسداران انقلاب اسلامی، پایگاه آمریکایی عین‌الاسد در عراق که محل استقرار نیروهای آمریکایی است مورد اصابت قرار گرفت.
در پی شهادت سردار پرافتخار اسلام شهید سپهبد حاج قاسم سلیمانی و شهدای همراه او به ویژه مجاهد بزرگ اسلام جناب آقای ابومهدی المهندس رهبر انقلاب پیامی صادر کردند.
ستاد کل نیروهای مسلح درباره علت سقوط هواپیمای اوکراینی اطلاعیه ای صادر کرد.
رهبر معظم انقلاب اسلامی در دستوری به ستادکل نیروهای مسلح در پی سقوط هواپیمای مسافربری اوکراینی بر لزوم پیگیری کوتاهی‌ها یا تقصیرهای احتمالی و مراقبت از عدم تکرار تاکید کردند.
از همان روزهای آغازین انقلاب به دلیل مهارت‌های بالایش در تیراندازی و حفاظت، چندین بار به عنوان فرمانده نیروهای محافظ حضرت امام انتخاب شد و مسئولیت آموزش تمامی محافظین رهبر بر عهده‌اش بود.
مسئول دفتر سردار شهید حاج قاسم سلیمانی با تأکید بر سجایای اخلاقی سردار شهید حاج قاسم سلیمانی گفت: وصیت نامه‌ای دارد که من آن را به عنوان منشور می‌دانم. قطعا این وصیت نامه در چهلمین روز شهادتش توسط خانواده ایشان انتشار داده می‌شود.
پیام رهبر انقلاب به تشکل‌های دانشجویی: امروز بیشتر از همیشه کشور به عنصر مؤمن حزب‌اللهی احتیاج دارد
